El primer tránsito completo por el Canal de Panamá realizado por un buque automotor de altamar se realizó el 7 de enero de 1914. La Alexander La Valley, una vieja grúa flotante de los franceses que había sido traída anteriormente desde el lado Atlántico, cruzó las esclusas del Pacífico.
Al aproximarse el final de la construcción, el equipo del Canal comenzó a separarse y a encargarse de otras cosas. Miles de trabajadores perdieron sus empleos, muchos poblados fueron abandonados y trasladados y miles de edificios fueron desarmados o demolidos. Gorgas renunció a la Comisión del Canal para ayudar a combatir la neumonía entre los trabajadores en las minas de oro en Sudáfrica, después de lo cual fue ascendido como inspector general de sanidad del Ejército. A partir del 1 de abril de 1914, la Comisión del Canal Ístmico dejó de existir y una nueva entidad administradora, el Gobernador de la Zona del Canal, fue establecida oficialmente. El Coronel Goethals se convirtió en el primer Gobernador del Canal de Panamá, confirmado por unanimidad por el Senado.
Se hicieron planes para una gran celebración que marcara adecuadamente la apertura oficial del Canal de Panamá el 15 de agosto de 1914. Una flota internacional de buques de guerra se formaría cerca de Hampton Roads en el Año Nuevo de 1915, para zarpar hacia San Francisco a través del Canal de Panamá, llegando a tiempo para la inauguración de la Exposición Internacional Panamá-Pacífico, una feria de carácter mundial. Pero nunca se dio la gran apertura. Aunque la Exposición Panamá-Pacífico continuó como se había planeado, la Primera Guerra Mundial forzó la cancelación de las festividades en el Canal. La gran apertura fue una modesta feria con el barco transportador de cemento del Canal, el Ancón, pilotado por el Capitán John A. Constantine, el primer práctico del Canal, quien realizó el primer tránsito oficial. A esta ceremonia no asistieron dignatarios internacionales. Goethals siguió el progreso del barco a bordo del ferrocarril, observando el tránsito desde la orilla.
El Canal de Panamá costó a los estadounidenses aproximadamente $375,000,000, incluyendo los $10,000,000 pagados a Panamá y los $40,000,000 pagados a la compañía francesa. Su construcción constituyó el proyecto de construcción más costoso en la historia de los Estados Unidos en ese tiempo. Los fuertes costaron unos $12,000,000 adicionales.
Impresionantemente, como ningún otro proyecto similar hasta la fecha, el Canal de los estadounidenses había costado menos en dólares que lo estimado, con la cifra final unos $23,000,000 por debajo del estimado realizado en 1907, a pesar de los deslizamientos de tierra y el cambio en el diseño para un canal más amplio.
Aún más impresionante es el hecho que este enorme y complejo proyecto sin precedentes culminó sin ninguno de los escándalos o corrupción que a menudo plagan este tipo de esfuerzos, y sin que haya surgido ningún tipo de escándalo en los años subsiguientes a su culminación.
Por supuesto que hubo un costo en vidas humanas. Según los archivos del hospital, se perdieron 5,609 vidas por enfermedades y accidentes durante la época de construcción por los estadounidenses. Si sumamos las muertes ocurridas durante la época de construcción por los franceses, el total aumentaría a aproximadamente 25,000 muertes, basándonos en un estimado realizado por Gorgas. Sin embargo, el verdadero número jamás se sabrá, pues los franceses sólo documentaron las muertes ocurridas en los hospitales.
