
Gilberto Guardia Fábrega
1 de enero de 1990 – Fernando Manfredo, Subadministrador del Canal desde el primero de octubre de 1979, hasta el 31 de diciembre de 1989, actúa como administrador interino desde el primero de enero de 1990, hasta septiembre de 1990.
20 de septiembre de 1990 – Gilberto Guardia F. es juramentado como primer Administrador de la Comisión del Canal de Panamá, siendo el primer panameño en ocupar la posición de mayor jerarquía dentro de la organización.
1 de mayo de 1991 – El Presidente de Panamá, Guillermo Endara Galimany, establece un comité presidencial encargado de preparar varios documentos relacionados con el proceso de transición.
12 de febrero de 1992 – Se inicia el programa de Ensanche del Corte Gaillard.
25 de febrero de 1993 – Se crea la Autoridad de la Región Interocéanica para desarrollar el área del Canal.
17 de noviembre de 1993 – Inauguración del simulador de navegación de la Unidad de Adiestramiento Marítimo.
25 de diciembre de 1993 – La Asamblea Legislative de Panamá aprueba la primera legislación sobre Título Constitucional del Canal de Panamá.
1 de octubre de 1994 – Implementación del Sistema de Medición Universal del Canal de Panamá (PC/UMS).
25 de enero de 1995 -El Presidente de Panamá, Ernesto Pérez Balladares, creó la Comisión de Transición para la Transferencia del Canal.
26 de mayo de 1995 – La Asamblea Legislativa aprueba la segunda legislación del Título Constitucional del Canal de Panamá.
10 de Febrero de 1996 – La Comisión del Canal de Panamá se convierte en una corporación gubernamental mediante la firma de la Ley Pública 104-106 por el Presidente de Estados Unidos, William Clinton.
19 de junio de 1996 – Tránsito No. 800,000 del Canal realizado por el Maersk Stafford.

Alberto Alemán Zubieta
18 de agosto de 1996 – Alberto Alemán Zubieta es juramentado como segundo Administrador panameño de la Comisión del Canal.
14 de mayo de 1997 – Aprobación de la Ley Orgánica de la Autoridad del Canal de Panamá.
11 de junio de 1997 – Presidente de Panamá, Ernesto Pérez Balladares, firma la Ley Orgánica de la Autoridad del Canal.
1 de julio de 1997 – Entra en vigor cambio en las reglas de medición de los barcos.
7 de julio de 1997 – Jorge E. Ritter es nombrado primer Ministro para Asuntos del Canal.
7 al 10 de septiembre de 1997 – Celebran Congreso Universal del Canal de Panamá.
9 de septiembre de 1997 – Abre Museo del Canal Interoceánico de Panamá.
18 de noviembre de 1997 – El Presidente de Estados Unidos, William Clinton, firma el Decreto de Autorización de Defensa para el año fiscal 1998.
27 de diciembre de 1997 – Se crea la Autoridad del Canal de Panamá y se nombra su junta directiva.
12 de Febrero de 1998 – Primera reunión de junta directiva de la Autoridad del Canal de Panamá.
17 de julio de 1998 – Primera reunión conjunta de directiva de la Comisión y Autoridad del Canal de Panamá.
31 de julio de 1998 – Un grupo de 12 panameños culmina su adiestramiento para servir como mediadores en la resolución de posibles conflictos obrero-patronales, incluyendo aquellos relacionados con la Autoridad del Canal de Panamá.
3 de septiembre de 1998 – Alberto Alemán Zubieta es juramentado primer Administrador de la Autoridad del Canal de Panamá. Además, la Junta Directiva de la Autoridad del Canal aprueba los reglamentos sobre los procedimientos para revisar las tasas de peaje del Canal de Panamá y los reglamentos de arqueo.
24 de marzo de 1999 – Consejo de Gabinete de Panamá aprueba las tasas de peaje que entrarán en vigor el 31 de diciembre.
12 de abril de 1999– De acuerdo con objetivos corporativos del Canal, la autoridad de compra de la agencia se descentraliza para darle más control sobre las compras y el proceso.
27 de mayo de 1999 – Ricaurte Vásquez, actual Jefe de Finanzas de la Comisión del Canal, es nombrado Subadministrador de la Autoridad del Canal de Panamá.
3 de junio de 1999 -La Asamblea Legislativa de Panamá aprueba el presupuesto de la Autoridad del Canal de Panamá para el año fiscal 2000.
28 de junio de 1999 – La Autoridad del Canal de Panamá distribuye cartas de oferta de trabajo entre los empleados del Canal.
1 de julio de 1999 – La Autoridad del Canal de Panamá aprueba los Reglamentos Laborales post-2000.
18 de agosto de 1999 – La Asamblea Legislativa de Panamá aprueba la ley que establece los nuevos límites de la Cuenca del Canal de Panamá, según las provisiones del Título Constitucional del Canal de Panamá.
2 de septiembre de 1999 – Ricardo A. Martinelli es nombrado Ministro para Asuntos del Canal.
4 de octubre de 1999 – Se aprueba el Reglamento de Contrataciones de la Autoridad del Canal de Panamá, último de los 21 reglamentos de la agencia en ser aprobado.
31 de diciembre de 1999 – Entrega del Canal a la República de Panamá.

31 de Diciembre de 1999
Transición del Canal de Panamá